โรงเรียนกบินทร์บุรี ประกาศจัดตั้งเป็น โรงเรียนมัธยมแห่งแรกของอำเภอกบินทร์บุรี เมื่อ วันที่ 1 พฤศจิกายน 2491 ให้ชื่อว่า โรงเรียนรัฐบาลประจำอำเภอกบินทร์บุรี เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษา อันดับที่ 6 ของ จังหวัดปราจีนบุรี โดยสังกัดกรมสามัญศึกษา
ระยะแรกที่ตั้งโรงเรียน ยังไม่มีอาคารเรียน และยังไม่มีครูมาประจำการสอน ทางจังหวัด ได้มอบหมายให้ นายชุ่ม สีห์ประเสริฐ ศึกษาธิการอำเภอกบินทร์บุรีในขณะนั้น มาทำหน้าที่ครูใหญ่ และได้ขอตัว นายสงัด ศรีมณี ครูน้อยโรงเรียนประชาบาล ตำบลกบินทร์ (กบินทร์ราษฎรอำรุง) มาช่วย ทำการสอน ในระดับชั้น ม.1 ซึ่งมีนักเรียนมาสมัครเรียน 6 คน สถานที่เรียน ได้รับการอนุเคราะห์จาก นายเฉลิม เพียรพยุห์ ครูใหญ่โรงเรียนประชาบาลตำบลกบินทร์ 1 ให้ใช้ห้องเรียนของโรงเรียนดังกล่าว เป็นที่จัดการเรียนการสอน (ปัจจุบัน คือ โรงเรียนเทศบาล 1 สังกัดเทศบาลตำบลกบินทร์) การบริหาร และการสอนดำเนินมาเป็นลำดับ และในปี พ.ศ. 2492 ทางราชการแต่งตั้งให้ นายนิพนธ์ ครามขวัญ มารักษาการ ตำแหน่งครูใหญ่
พ.ศ. 2493 ทางราชการ ได้จัดสรรงบประมาณ เพื่อสร้างอาคารไม้ใต้ถุนสูง จำนวน 6 ห้องเรียน ก่อสร้างเสร็จ และทำการตรวจรับมอบ เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม 2493 บริเวณที่ก่อสร้างอยู่บริเวณ ริมฝั่งขวาของแม่น้ำแควหนุมาน ที่ไหลมาบรรจบกับแควพระปรง เกิดเป็นบริเวณปากน้ำต้นแม่น้ำบางปะกง ซึ่งอยู่คนละฝั่งกับ ที่ว่าการอำเภอกบินทร์บุรีหลังเก่า
พ.ศ. 2495 ทางราชการได้แต่งตั้งให้ นายน้อย ตันมณี มาดำรงตำแหน่ง ครูใหญ่
พ.ศ. 2496 ทางอำเภอได้มอบหมายให้ นายครรชิต กาญจนา ทำหน้าที่ ครูใหญ่
พ.ศ. 2497 ระหว่างเดือน กรกฎาคม – ตุลาคม นายครรชิต กาญจนา ได้ขอโอนไปดำรงตำแหน่ง ผู้ช่วยศึกษาธิการอำเภอกบินทร์บุรี งานในหน้าที่ ได้มอบหมายให้ นายสงัด ศรีมณี รักษาการ ต่อมา กรมสามัญศึกษา ไม่ยินยอมให้โอน นายครรชิต กาญจนา จึงได้มาปฏิบัติหน้าที่ตามเดิม
พ.ศ. 2504 ได้เปลี่ยนหลักสูตรการเรียนการสอน กลับมาเป็น ระดับชั้นประถมศึกษาตอนปลาย ( ป.5–ป.7 ) และเปลี่ยนชื่อโรงเรียนจาก ป.จ. 6 มาเป็น “ โรงเรียนกบินทร์บุรี ”
พ.ศ. 2521 เปลี่ยนหลักสูตรการเรียนการสอน กลับมาเป็น ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.1 – ม.3) และในปีเดียวกัน ทางราชการได้อนุมัติให้ย้ายที่ตั้งโรงเรียนจากเดิม มาอยู่ในที่ปัจจุบัน เนื่องจาก สถานที่ตั้งเดิมเป็นที่คับแคบ อยู่คนละฝั่งแม่น้ำกับชุมชน ทำให้การเดินทางไปโรงเรียนของ ครู และนักเรียน ได้รับความยากลำบาก เสี่ยงอันตรายในการนั่งเรือข้ามฟากในฤดูฝน ลำน้ำแควหนุมาน และแควพระปรง จะไหลเชี่ยวมาก กรมสามัญศึกษา ร่วมกับทางจังหวัด ได้หาพื้นที่ที่จะสร้างโรงเรียนใหม่ และได้รับความเมตตาจาก หลวงปู่บุญทัน ฐิตปัญโญ เจ้าอาวาสวัดป่าประดู่ ตำบลเมืองเก่า อำเภอกบินทร์บุรี จังหวัดปราจีนบุรี แบ่งที่ดินจำนวน 26 ไร่เศษให้โรงเรียน พร้อมกับแจ้งไปยังผู้มีจิตศรัทธาบริจาคเงินเป็นทุนก่อสร้าง อาคารเรียนแบบ 216 ค. ครึ่งหลัง 8 ห้องเรียน สิ้นค่าก่อสร้างทั้งสิ้น 1,000,000 บาท ( หนึ่งล้านบาทถ้วน ) และย้ายมาทำการในที่ปัจจุบัน ตั้งแต่ พ.ศ. 2521 เป็นต้นมา
พ.ศ. 2526 โรงเรียนได้งบประมาณต่อเติมอาคารเรียนจาก กรมสามัญศึกษา จึงทำการต่อเติมอาคารเรียนจนเต็มหลัง แล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2527
พ.ศ. 2526 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกเข้าอยู่ใน โครงการ ม.พ.ช. 2 รุ่น 2 ได้รับจัดสรรงบประมาณก่อสร้างโรงฝึกงาน ในปี พ.ศ. 2527 จำนวน 2 หลัง เป็นโรงฝึกงานเกษตร 1 หลัง และอาคารแฝด สำหรับใช้ฝึกงานคหกรรม และอุตสาหกรรม 1 หลัง และจัดหาครุภัณฑ์ประกอบอาคาร พร้อมอุปกรณ์การเรียนจำนวน 8 สาขาวิชาเสร็จเรียบร้อย และปีการศึกษา 2528 ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 216 ก. ดัดแปลงครึ่งหลัง และสร้างห้องส้วม จำนวน 10 ที่
พ.ศ. 2526 กรมสามัญศึกษา อนุมัติให้ต่อเติมอาคารเรียนให้เต็มหลัง มีบ้านพักครู 4 หลัง, บ้านพักนักการภารโรง 1 หลัง, บ้านพักนักเรียนชาย จำนวน 1 หลัง รวม 3 ห้อง, บ้านพักนักเรียนหญิง จำนวน 1 หลัง รวม 3 ห้อง, ส้วม จำนวน 2 หลัง, โรงฝึกงาน จำนวน 2 หลัง รวม 3 หน่วย
พ.ศ. 2533 กรมสามัญศึกษา ได้อนุมัติให้เปิดการจัดการเรียนการสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย จำนวน 2 ห้องเรียน
ปีงบประมาณ 2535 – 2536 โรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ 216ล ( ปรับปรุง 29 ) 16 ห้องเรียน 1 หลัง ในวงเงินทั้งสิ้น 7,423,000.00- บาท
ปีงบประมาณ 2536 โรงเรียนได้รับงบประมาณ สร้างอาคารเอนกประสงค์ แบบ 100 / 27 จำนวน 1 หลัง และบ้านพักนักเรียน จำนวน 4 หลัง
ปัจจุบันโรงเรียนกบินทร์บุรี สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 7 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งอยู่ที่ เลขที่ 99 หมู่ที่ 13 ถนนนครราชสีมา – ฉะเชิงเทรา ตำบลเมืองเก่า อำเภอกบินทร์บุรี จังหวัดปราจีนบุรี 25240 ตั้งอยู่ทาง ทิศตะวันออก ห่างจากสี่แยกสามทหารไปตามเส้นทาง จังหวัดฉะเชิงเทรา ประมาณ 2 กิโลเมตร และห่างจากจังหวัดปราจีนบุรี ประมาณ 55 กิโลเมตร อยู่ห่างจากที่ทำการอำเภอกบินทร์บุรี ประมาณ 5 กิโลเมตร ติดถนนสายนครราชสีมา – ฉะเชิงเทรา มีพื้นที่ จำนวน 27 ไร่ 135 ตารางวา